El comando para borrar una carpeta del servidor por medio de la consola de comandos SSH y con la condición de que no tengas ningún fichero en la carpeta o subdirectorio podrás utilizar el comando rmdir
rmdir Carpeta/
En el caso de que tengas en la carpeta o subdirectorios ficheros y subcarpetas para eliminar todas las carpetas y subcarpetas de un directorio deberás de utilizar el comando rm.
rm -rf carpeta/
Para borrar subcarpetas y ficheros, en la directorio en el que te encuentras en el servidor SSH que estas ahora, puedes utilizar el siguiente comando con cuidado, porque desde la carpeta en donde estés hasta todo lo que cuelga será borrado sin posibilidad de recuperarlo.
rm -rf *